вот этой утилитой (ссылка на скачивание),
утилита обрабатывает и подпапки в том числе.
1. Указываем папку с исходными ромами для сортировки ("Select Source Directory").
2. Указываем папку в которой хотим создать/обновить иерархию с ромсетом по маперам ("Select Destenation")
3. Выбираем поведение программы, что делать если в иерархии с ромсетом файл уже существует.
- Scip - не копировать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.
- Make copy - создать копию файла (дописывается к имени файла [n], где n - порядковый номер копии).
- Overwrite - перезаписать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.
4. Запускаем, - нажимаем "Process"
5. Дожидаемся завершения операции.
