вот этой утилитой (ссылка на скачивание),
утилита обрабатывает и подпапки в том числе.
1. Указываем папку с исходными ромами для сортировки ("Select Source Directory").

2. Указываем папку в которой хотим создать/обновить иерархию с ромсетом по маперам ("Select Destenation")

3. Выбираем поведение программы, что делать если в иерархии с ромсетом файл уже существует.
- Scip - не копировать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.
- Make copy - создать копию файла (дописывается к имени файла [n], где n - порядковый номер копии).
- Overwrite - перезаписать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.

4. Запускаем, - нажимаем "Process"

5. Дожидаемся завершения операции.
