вот этой утилитой (ссылка на скачивание),
утилита обрабатывает и подпапки в том числе.
1. Указываем папку с исходными ромами для сортировки ("Select Source Directory").
![Image](https://ramfactory.com/devices/INVITENES/Images/RomSorter_0.png)
2. Указываем папку в которой хотим создать/обновить иерархию с ромсетом по маперам ("Select Destenation")
![Image](https://ramfactory.com/devices/INVITENES/Images/RomSorter_1.png)
3. Выбираем поведение программы, что делать если в иерархии с ромсетом файл уже существует.
- Scip - не копировать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.
- Make copy - создать копию файла (дописывается к имени файла [n], где n - порядковый номер копии).
- Overwrite - перезаписать файл в иерархию если файл с таким именем уже существует.
![Image](https://ramfactory.com/devices/INVITENES/Images/RomSorter_2.png)
4. Запускаем, - нажимаем "Process"
![Image](https://ramfactory.com/devices/INVITENES/Images/RomSorter_3.png)
5. Дожидаемся завершения операции.
![Image](https://ramfactory.com/devices/INVITENES/Images/RomSorter_4.png)